Il est courant d’entendre parler de la possibilité de l’éclosion d’une nouvelle Intifada en cas d’échec des négociations actuelles entre le gouvernement israélien et l’Autorité palestinienne. Dans ce contexte, Al-Barghoutti a déclaré : "C’est le peuple palestinien qui décidera de lancer une nouvelle Intifada car il a toujours pris lui même, à chaque étape du conflit, les décisions qui le concernait ", ajoutant : "Avec tout le respect que je dois aux experts, ils n’avaient pas pu anticiper ni la première ni la deuxième Intifada."

D’autre part, Al-Barghoutti a annoncé qu’il soutenait "fortement" que le Hamas participe au processus politique actuel, et qu’il faudrait soumettre à un référendum populaire tout accord final avec le gouvernement israélien. Il a souligné cette idée en déclarant : "le Hamas est une partie importante dans la société palestinienne, c’est même moi qui ai inventé le slogan "des partenaires dans le sang, des partenaires dans la résolution"."